NCBI
Nyissuk meg a következő linket:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/
Írjuk be:
Escherichia coli
Vagy nyissuk meg a következő linket:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/taxonomy/562/
Mus musculus
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/taxonomy/10090/
Homo sapiens
Teljes genomok összehasonlítása:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/cgv/
Hasonlítsuk össze a Homo sapiens-t a Pan troglodytes-sel (chimpanzee)!
Nézzük meg a humán 2-es kromoszómát!
Következő összehasonlítások:
Gorilla-ember, gorilla-csimpánz.
Mire lehet ebből következtetni?
Blast
blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Válasszuk ki a Protein blast-ot!
Feladat 1
Basic BLASTp example sequence 1
MSKRKAPQET LNGGITDMLT ELANFEKNVS QAIHKYNAYR KAASVIAKYP HKIKSGAEAK
KLPGVGTKIA EKIDEFLATG KLRKLEKIRQ DDTSSSINFL TRVSGIGPSA ARKFVDEGIK
TLEDLRKNED KLNHHQRIGL KYFGDFEKRI PREEMLQMQD IVLNEVKKVD SEYIATVCGS
FRRGAESSGD MDVLLTHPSF TSESTKQPKL LHQVVEQLQK VHFITDTLSK GETKFMGVCQ
LPSKNDEKEY PHRRIDIRLI PKDQYYCGVL YFTGSDIFNK NMRAHALEKG FTINEYTIRP
LGVTGVAGEP LPVDSEKDIF DYIQWKYREP KDRSE
Feladat 2
Basic BLASTp example sequence 2
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGG
GPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
Alignment paraméterek magyarázata:
https://guides.lib.berkeley.edu/ncbi/blast
Teljes mitokondrium-szekvenciák összehasonlítása:
NCBI, lenyíló menü. Válasszuk ki a Nucleotide lehetőséget.
Másoljuk be a következőt:
human[organism] AND mitochondrion[title]
Hány eredményt kaptunk:
Jobb oldali menüben: Refseq
Ezután a bal oldali menüben:
Run Blast/Analyze results
Pipáljuk ki: Align two or more sequences.
Felső ablak: csak a modern/mai ember maradjon.
Alsó ablak: másik kettő azonosító.
Run blast
Értelmezzük az eredményeket!
Feladat 3:
Hasonlítsuk össze a csimpánz és humán mitokondrium-szekvenciákat!
Feladat 4:
Hasonlítsuk össze a gorilla és a humán mitokondrium-szekvenciákat!
Értelmezzük az eredményeket!